Подобная проблема имела место, но ранее я ее решал установкой Gxneur. Недавно установил Ubuntu 15.10 и подобное решение перестало работать. Гугление меня привело к PPA "Java non-latin shortcuts" товарища William Hua по такому адресу.
Установка пакета unity-settings-daemon из этого репозитория решила проблему, чего и вам желаю.
UPD: В 16.04 такая же история. Колдовство выше и заклинания ниже по-прежнему актуальны.
sudo add-apt-repository ppa:attente/java-non-latin-shortcuts
sudo apt-get update
sudo apt-get dist-upgrade
